Игра представляет из сильно переработанный ремейк знаменитой Secret Game: Code: Revise, сохранены все персонажи и сеттинг, однако сценарий был переработан на 80%, так что от оригинала мало что осталось. Rebellions: Secret Game 2nd Stage в разы длинней оригинала и разделена на эпизоды. Итак, некто похитил четырнадцать человек переместил их в сельскую местность и удерживая от побега посредством интеллектуального заминированного ошейника, если кто-то попытается покинуть отведённую зону или не выполнит условия, обозначенные похитителем - он умрёт.