Главный герой игры — майор Натан Спенсер (Nathan Spencer) — первый бионический коммандос TASC и герой войны времен Имперского Инцидента. По ложным обвинениям он был приговорен военным судом к смерти за измену и уже пять лет ожидает исполнения смертного приговора. Однако, в роковой день некая террористическая организация Био-Рейх (Bio-Reign) приводит в действие мощное экспериментальное оружие — кинетический луч, который вызывает страшное землетрясение и разрушает самый большой город Федеральных Штатов Америки (FSA) Асеншн-Сити (Ascension City), превратив его в руины. Био-Рейх берет город под свой контроль и начинает строить новую империю. Правительство принимает решение освободить Натана Спенсера, возвращает ему механическую биоруку и дает задание исправить сложившуюся ситуацию. Под руководством Джозефа Гибсона, также известного как Супер Джо, главный герой медленно, но верно пробирается по разрушенному городу и пытается выведать тайны командования Био-Рейха…