Главный персонаж, Гарри Мэйсон, едет на отдых со своей единственной дочерью Шерил. Испугавшись тени, выскочившей перед ними, он попадает в аварию. Его машина сворачивает в обрыв, и очнувшись, он понимает, что Шерил исчезла... Впереди город, окутанный густым туманом, и зловещая тишина. Ужасно волнуясь о безопасности Шерил, Гарри идёт в город, укрытый туманом, Silent Hill...
Семь лет назад Гарри Мейсон и его жена нашли новорожденную девочку на обочине дороги, удочерили её и назвали Шерил. Через три года жена Гарри скончалась. После этой утраты единственным близким человеком в жизни Гарри Мейсона остается его дочь — Шерил, и он продолжает любить её, как свою собственную.
В начале игры Гарри и Шерил едут в Сайлент-Хилл. Во время этой поездки происходят странные события. По левой стороне дороги машину Мейсонов обгоняет полицейская на служебном мотоцикле. Спустя некоторое время Гарри видит лежащий на обочине мотоцикл недавно проезжавшей полицейской, самой же полицейской нигде не видно. Внезапно на дороге появляется фигура девочки-подростка в школьной форме и Гарри, пытаясь избежать столкновения, резко поворачивает руль и автомобиль выскальзывает на обочину дороги.
Когда Гарри приходит в сознание, он обнаруживает, что он один в разбитой машине. Шерил исчезла. Блуждая по туманным улицам заброшенного города, он видит Шерил — во всяком случае, ее призрак. В погоне за ним Гарри попадает в некий переулок; стремительно наступает темнота, и Гарри следует по тесному, беспрестанно поворачивающему переулку, освещая себе дорогу лишь горящей зажигалкой. Обыденные задворки домов постепенно превращаются в кошмар. Наконец Гарри приходит на место некоей чудовищной расправы, залитое кровью и кусками тел, и видит распятое на ограде тело. На героя набрасываются некие малорослые твари, и Гарри падает под ударами их ножей.
Гарри приходит в себя целым и невредимым в кафе 5 to 2 недалеко от места своей аварии, уже новым туманным днем. Он знакомится с той самой полицейской, которая представляется как офицер Сибил Беннет из соседнего города Брамс. Сибил также не имеет представления, что происходит в Сайлент-Хилле..