Из-за ограниченных возможностей приставки графика и звук в этой версии хуже, чем в версии для SNES, однако скорость движения персонажей выше, чем на SNES, что делает игру по динамике ближе к оригинальной версии. Как и в версии для SNES Рейн и Нуб-сайбот доступны для игры. Мотаро и Шао Кана можно выбрать в режиме игры для двух игроков, используя секретные опции (а также боссов можно выбрать сначала игры при помощи Game Genie кодов). Милина, Ермак и Классический Саб-Зиро открыты для игры без введения кодов. Бруталити также включены в эту версию. Шан Цзун может превращаться в Смоука-киборга, Рейна и Нуб-сайбота, что невозможно в аркадной игре. В этой версии также есть миниигра Понг, названная МК4, которая уже появлялась в МК3 на Sega Genesis.
Из-за нехватки места на картридже некоторые элементы игры были убраны. Полностью убраны Animality, причем в секретных опциях, открывающихся с помощью кодов, при выборе функции «Добивание с одного удара» Animality присутствует в списке. Сокровища Шао Кана состоят из десяти ячеек, а не из двенадцати. Шао Кан больше не произносит имена бойцов. Некоторые уровни из МК3 отсутствуют, например The Balcony и The Street, поэтому при апперкоте на аренах The Subway и Soul Chamber противник никуда не вылетает. При этом, если вызвать кодовое меню с помощью специального чит-кода, в звуковом тесте игры можно услышать фоновую музыку одного из отсутствующих уровней игры, которую забыли убрать разработчики. Хотя уровень The Bell Tower убран, фоновое добивание от этой арены все ещё существует в коде игры и может быть выполнено. Режим на Выносливость (Endurance Mode) тоже остался в коде и доступ к нему можно получить с помощью Game Genie. Также в игре есть незаконченная версия Хамелеона, бойца, который впервые в законченном виде появился только в МКТ для PS1 и PC. Соня использует версию Френдшипа из МК3. Одно из Фаталити Скорпиона отличается от того, что было в аркадной версии игры — вместо, чтобы призывать армию своих двойников, Скорпион переносит противника на уровень Scorpion’s Lair, где тот загорается и взрывается. У Смоука-Человека те же движения, что и у Скорпиона, а фаталити как у Ермака — FATALITY 2.