И снова, Эд со своим братом Альфонсо странствуют в поисках легендарного Философского Камня. В самом начале, они сталкиваются с Софи, персонажем основной сюжетной линии игры. Софи обладает мистическими способностями, которые помогают Эду и Альфонсо выбраться из передряги. Полагая, что это поможет им приблизиться к Философскому Камню, братья решают объединиться с Софи в его поисках. Fullmetal Alchemist 3: Kami o Tsugu Shoujo следует за основой выдвинутой предшественниками (первой и второй частью). Если Вы уже знакомы с предыдущими играми серии, можете смело браться за третью часть (принудительное обучение, в этом случае, крайне раздражает).