Сюжет игры Madagascar основан на одноимённом мультфильме. Игроки управляют четырьмя разными животными: Алекс, это очень смелый лев, Марти - зебра идеалистка, Мелман - жираф ипохондрик, а Глория - огромный гиппопотам, и все эти животные действуют как одна компания, пытаясь удрать из центрального зоопарка, где они в настоящий момент содержатся. Каждый из персонажей обладает специальными способностями, и игроку предстоит решить, как наилучшим образом использовать их способности, поскольку это, пожалуй, решающий фактор для того, чтобы смыться из зоопарка. Причём способности животных совершенствуются по ходу игры.