Игра основана на одноименной манге, завершающей серию .hack. Действия игры разворачиваются в 2020 году три года спустя после того как закончились события .hack//G.U. В игре собраны более 130 персонажей со всего сериала. В игре .hack//Link Вам отведена роль Токио Курью (Tokio Kuryuu), студента второго курса колледжа. Он был обычным студентом с типичными заботами пока в его жизни не появился таинственная Сайка Амаги (Saika Amagi) и не переместил Кирью в видеоигру под названием "Мир" ("The World"). Токио попадает на центральную площадь Ма-Ану где видит застывших Сумеречных Рыцарей и оказывается сам атакован персонажем по имени Флюгель (Flügel).