Zamochu, а какой образ ты запускаешь? BIN/CUE или иной, можно мне ссылочку на образ который ты запускаешь или эта проблема для любой игры? Я не знаю с чем может быть связана проблема, но на
сайте эмулятора есть такая строчка Added command-line option "-which_medium", to specify which CD to start with when using multi-CD M3U sets. У меня подобная проблема не проявлялась.