Chrono Cross применяется в битве с последним боссом для получения лучшей концовки. Для начала необходимо составить верную последовательность элементов, а затем применить Chrono Cross.
Последовательность такова
желтый, красный, зеленый, синий, черный, белый. (надеюсь не напутал ничего).
Гленна можно завербовать, отказавшись помогать Kid, когда её ранит Линкс.
New Game+ - позволяет посмотреть новые концовки, сражаясь с Лавосом в разные этапы игры. Например, убив его одним Сержем сразу же после начала, попадем в комнату разработчиков (а именно в Viper Manor).
Также, появляется возможность собрать остальных персонажей, подраться с Ozzy, Flea и Slash. А, и в новой игре, из отряда можно убрать Сержа/Линкса.
А вот про Pendragon Sigil'и навскидку не вспомню )