mode2cdmaker может собирать в командной строке любые образы с ограничением 4096 файлов.С gui интерфейсом фунционал еще более ограничен Есть гайды как из мультидисковых игр сделать однодисковые для запуска на эмуляторах и psp и играть без смены диска. Можешь скачать эти архивы и изучить возможности утилиты.
https://app.box.com/s/b02715f2fe91cdc42fd1