События игры продолжаются сразу же после событий Killzone 2, где мы узнаем, что император Висари, лидер Хелгастов, умирает у ног «Сев'а» и Рико. Но это не означает, что война уже выиграна. После смерти Висари, на планете Хелган развиваются политические интриги, междоусобицы и убийства. Теперь два самых влиятельных человека на планете сражаются за полное и абсолютное господство. С небольшим количеством запасов и без подкрепления, организация ISA должна сражаться не за победу в войне, а хотя бы за выживание.
В Killzone 3 вы вновь столкнетесь с враждебной армией Хелгастов и с огромными трудностями в борьбе за выживание человечества. Наряду с однопользовательской кампанией, в игре будет полнофункциональный многопользовательский режим.