Версия игры для Nintendo Wii, названная The Godfather: Blackhand Edition, получила самые высокие оценки от Game Rankings и IGN. Она включает 20 миссий, 10 новых миссий на убийства, новую вражескую семью, методы достижения целей, такие как шантаж и взяточничество, и прочие нововведения. Игра была разработана вместе с версией для PlayStation 3 и выпущена 20 марта 2007. Версия для Wii включает в себя новые элементы управления, созданные специально для Wii Remote. В общем, в игре доступно 25 уникальных движений.
Blackhand Edition также добавляет второй путь прохождения, главными методами достижения целей в котором являются шантаж полиции, ФБР и членов других мафиозных семей, а действия и слова игрока начнут влиять на результат. Игроку предстоит шантажировать шефов полицейских отделений из пяти районов, находя достаточное количество «грязи» на них, что фактически приводит к возможности управлять полицией района. В результате, полицейские переходят на сторону игрока и могут арестовывать или убивать членов других семей. Также при втором пути прохождения становятся доступны такие возможности, как увеличение и восстановление здоровья, уменьшение цен за взятки полиции и ФБР и другие.