Действие игры Wolfenstein происходит в альтернативной фантастической вселенной, в которой присуща магия, таинственные артефакты и древние потерянные цивилизации. Вместе с тем действия игры происходят во время Второй мировой войны в городе Айзенштадт.

По сюжету игры БиДжей Блажкович (англ. BJ Blazkowicz), американский агент OSA, неизменный главный герой и протагонист всех игр серии Wolfenstein, проводит диверсию на фашистском линкоре Тирпиц, который намеревался запустить на Лондон стратегические ракеты. На линкоре Блажкович воспользовался таинственным магическим тулийским медальоном, магическим артефактом, который создал на короткое время вокруг Блажковича силовое поле. Уничтожив Тирпиц, Блажкович возвратился на базу OSA, однако сразу после этого отправился на следующее задание в Айзенштадт. Именно с прибытия на поезде в Айзенштадт и начинается непосредственно игровой процесс.