В игре нас поджидает старый враг, известный как Rez, чинящий различные препоны на пути храброго пресмыкающегося. На этот раз наша благородная цель заключается в спасении неудачливого товарища, а точнее подруги, секретного агента по имени Xtra. Gex 3 включает в себя порядка двадцати пяти различных уровней, совершенно не похожих друг на друга по обстановке. Вы побываете на Северном Полюсе, где вас уже поджидает злобный двойник Санта Клауса - некий Satan (переводится, если не знаете, как Сатана). Судьба также забросит вас в сказочную страну, населенную Шалтаями-Болтаями и большими злобными волками (каждый, правда, присутствует в единственном экземпляре), на пиратский корабль, в эпоху Дикого Запада. Гекс научился менять костюмы в зависимости от мира, в котором он находится. В зависимости от прикида изменяются и способности ящерицы. Так, к примеру, костюм Геракла придаст ему силы, что не может не пригодиться, а на пиратском уровне наш герой получает возможность использовать крюк, заменяющий ему одну из рук (лап).