В игре представлено более 30 бойцов из серий игр Street Fighter (Capcom: Ryu, Guile, Chun Li, Dan Hibiki), King of Fighters (SNK: Terry, Joe Higashi), Samurai Shodown (SNK), а также Morrigan (Capcom: Darkstalkers). Герои игры разделены на два лагеря: Capcom и SNK, два гиганта игростроения имеющие колоссальный опыт создания игр-драк. Основной же изюминкой Capcom Vs. SNK: Millennium Fight 2000 Pro являются командные бои. Подбор бойцов строится по шкале рейтингов, установленных разработчиком. Изначально предполагается, что ряд персонажей относительно немощны, и из четырех доступных "командных слотов" занимают только один. Есть и более серьезные герои, заполняющие собой два или сразу три или четыре слота. Система, надо сказать, спорная, но не лишенная смысла. Интересно, что в Versus Mode количество занимаемого персонажами места можно выбирать произвольно. При этом ряд параметров регулируется автоматически. Подобный подход, кстати, добавляет в режим для двух игроков дополнительный стратегический элемент, а это не может не радовать.