Сюжет игры повествует о войне людей (Космические Силы Объединённых Наций) и ковенантов (союза нескольких инопланетных рас). Люди упорно, изо всех сил, сражаются, но все же сдают свои позиции на всех фронтах. Последней надеждой может стать проект «Новых спартанцев» (SPARTAN-II) — суперлюдей, которые призваны уничтожить ковенантов. Все научные силы по этому проекту базируются на планете Рич. Но ковенанты находят Рич и уничтожают планету вместе с новыми спартанцами. Спастись удаётся всего одному кораблю — «Pillar Of Autumn» («Столп Осени»), именно в этом корабле транспортируется последний выживший «Спартанец» — Master Chief (Джон-117). Его забрали военные в возрасте 6 лет, а его родителям оставили клона. Так что они даже не подозревают о великой судьбе своего сына. Почему выбор пал именно на Джона? Потому что у него очень развитый интеллект, реакция и ловкость, не характерные для его ровесников. Он мог складывать трёхзначные числа в уме, мог предсказать на какую сторону упадёт подброшенная монета и многое другое. Именно за него предстоит играть. Корабль совершает слепой прыжок в гиперпространство и выходит из него рядом с таинственным инопланетным артефактом под кодовым именем Halo (Ореол — см. Гало)… Оказывается что данное кольцо является священным местом для ковенантов, да и корабль «Правда и Примирение» (Truth and Reconsilliation) Ковенантов сумел отследить прыжок «Столпа Осени»,и начал безжалостную атаку на корабль.Их действия заставляют разморозить Старшину,и послать на инструктаж к Ключу(captain Keyes).Мастер Чиф забирает Кортану-програму,управляющую кораблем(которая сыграет немаловажную роль после),и поспешно уходит из Столпа осени в последней спасательной капсуле.

Стоит отметить что игра была явно вдохновлена романами из серии Мир-Кольцо Ларри Нивена, а также предыдущей игрой от Bungie — Marathon.