Игра начинается спустя примерно пять лет после окончания событий, описанных в прошлой игре, и главными персонажами игры становятся новые, ранее неизвестные личности.
Из персонажей, присоединяющихся к главному герою в начале игры можно выделить Крею, которая будет наставником главного героя, и Аттона Рэнда — пилота космического корабля. В игре есть несколько персонажей, упоминающихся в прошлой части, и некоторые из них могут присоединиться к группе игрока. Новые планеты, которые может посетить персонаж включают восстанавливаемый Тилос, планету Ондерон, луну, сплошь обросшую джунглями Дксун и астероид Перагус, с которого, собственно, и начинается игра. Коррибан и Дантуин, которые были в первой части, также доступны. Чёрный Ястреб, корабль, на котором главный герой прошлой игры летал с планеты на планету, снова станет основным транспортом.