На момент начала игры человечество уже провело ядерную войну, и приличная часть Земли стала непригодной для жизни.
Авианосец, на котором проходит действие игры, раскопал где-то в воде "семена" некоей формы жизни, именуемой АРК, которая питается радиацией и внешне похожа на растение (т.к. авианосец имел свой реактор, АРКу было, что жрать); люди под её воздействием тоже мутировали в полурастений. Ближе к концу игры мутировавший учёный из спасательной команды скажет ГГ "Передай им что АРК не зло, а люди не боги!". А в конечной заставке командир спасательной экспедиции рассуждает на тему "Может ну его нафиг, это человечество? Всё равно эти уроды сделали свой большой дом непригодным для своей жизни" вертя в руках образец АРКа.

Вот действительно, люди тут "сами себе злобные буратины" устроившие апокалипсис и разрушившие всё вокруг, а АРК как бы и ни при чём, это просто органика, переваривающая радиацию. Точно как и сказал тот учёный, АРК - не зло, люди - не боги. Так ли человек разумен, как заявляет о себе?

Человеку тысячи лет назад уже были даны верные жизненные установки, ведущие к гармоничному существованию в мире(Заповеди). Но человек грешен, и для оправдания потворства своей греховной природе - даже выдумывает себе новую религию(католицизм), чтобы равнять себя с богом, в то время как ещё не достиг божественного уровня нравственности, но этим самым разрешает себе не развиваться нравственно, а больше удовлетворять свои инстинкты. Если задуматься над апокалиптическими сценариями, то окажется, что их корни лежат именно здесь - в расколе христианства на православие и католицизм. Ересь католицизма продолжает делиться фрактально на бесконечные составляющие, и одна из этих составляющих, протестантизм - послужила основой для возникновения капитализма, имеющего колониальный характер развития. Само существование капитализма, его схватка с социализмом(и другими измами) - и служит основной каймой для апокалиптических сценариев.