Главный герой, 16-тилетний рыцарь (имя ему игрок дает сам), член элитного отряда Order Of The Sacred Flame. Вместе со своим ближайшим другом и командиром он отправляется на крайние рубежи Империи с разведывательной миссией. И буквально после первой же стычки с бандитами оказывается оторван от своего военачальника. Судьба сводит героя с юной монахиней Элеонорой и девушкой-рыцарем Иванной, которые сопровождают рыцаря в его нелегких приключениях. Дальнейший сюжет игры замысловат и непредсказуем. Друзья превратятся во врагов, а враги станут союзниками, герой познает любовь, отчаяние и предательство.
Космос - богиня гармонии. Хаос - бог раздора. Собрав несметные полки воинов из разных земель, эти две сущности затеяли войну, которая, казалось, будет длиться вечно. Ведь силы двух божеств соизмеримы, и ни одно из них не может одержать уверенную победу над другим. Вернее, не могло, потому что теперь баланс нарушен. Воины, откликнувшиеся на зов Хаоса, оказались неутомимы в бою. Шаг за шагом они теснили силы гармонии, изматывая их бесконечными атаками, пока герои, присягнувшие богине Космос, не пали один за другим. Противостояние, длившееся многие столетия, сейчас может завершиться победой Хаоса. Мир уже превращается в мрачное гиблое болото и вот-вот будет разорван на части.
Внезапно, в 2010-м году, на поверхность Земли выломились неизвестные формы жизни, разрушающие время и пространство, которые прозвали "Твистед". Ни армия, ни копы, ни даже войска специального назначения не могли справиться с этой напастью, и тогда была создана специальная правительственная организация, CTI, целью которой стало спасение Земли. Для достижения этой цели требовалось использование специальной системы - Овердрайв, позволяющей изменять события прошлого. Единственным кандидатом, совместимым с системой, стала она - девушка, потерявшая память, бывший коп Нью-Йоркской полиции, а ныне оперативник CTI, Айя Бреа. Именно ей предствоит нырнуть в прошлое, оказавшись в шкуре многих бойцов, и с помощью сил национальной гвардии, уничтожить угрозу в зародыше.
События Crisis Core: Final Fantasy VII разворачиваются за семь лет до происшествий, описанных в Final Fantasy VII: Dirge of Cerberus. Компания Шинра, обосновавшаяся в городе Мидгар, стремительно набирает силу и власть, простирая свое могущество над всем миром. Однако ее процветание омрачает война в Вутаи, куда регулярно отправляются элитные солдаты. Зак - молодой воин второго класса, стремящийся дослужиться до первого. Его наставник - оперативник первого класса Энджил. Вместе с легендарным бойцом Сефиротом группа отправляется расследовать таинственное исчезновения отряда под предводительством командира первого класса Дженезиса.