События Black/Matrix 00 разворачиваются в той же вселенной что и игра Black/Matrix +, в мире где любовь считается худшим из преступлений, и любой, кого признают виновным в любви или доброте, преследуется и наказывается, это мир которым правят демоны ("Чернокрылые) угнетая побеждённых ангелов ("Белокрылых") и посреди этого безобразия находятся люди, в среде которых есть мальчик Кейн живущий на уединенном острове в качестве слуги у доброй женщины по имени Матия и кажется что никому нет дела до этой идиллии вдали от войн и несправедливого мира.. Но однажды Чернокрылые похищают Матию и Кейну ничего другого не остаётся как отправится в путь и спасти Матию которая стала для него родным человеком.
События Black/Matrix 00 разворачиваются в той же вселенной что и игра