Название "3LDK" проистекает из аббревиатуры, которую японцы используют для описания своих особняков и домов: L = гостиная, D = столовая, K = кухня и "3" означает, что есть три спальни. Игра рассказывает историю главного героя Масато Асакавы, ученика второго курса средней школы. После внезапного перевода его родителей на работу за границу Масато оказывается один со своим другом детства Тихоги Сану в квартире семьи Асакава. В следующем году предстоят экзамены в университет после чего Масато ожидает беззаботная жизнь вдали от родительского надзора. Однако, родители, опасаясь ухода в отрыв их любимого сына поручили присматривать за ним Мику, смотрительницу храма, суровую и прямолинейную старшую сестру его друга Тихоги.