Игра основана на одноименной манге, завершающей серию .hack. Действия игры разворачиваются в 2020 году три года спустя после того как закончились события .hack//G.U. В игре собраны более 130 персонажей со всего сериала. В игре .hack//Link Вам отведена роль Токио Курью (Tokio Kuryuu), студента второго курса колледжа. Он был обычным студентом с типичными заботами пока в его жизни не появился таинственная Сайка Амаги (Saika Amagi) и не переместил Кирью в видеоигру под названием "Мир" ("The World"). Токио попадает на центральную площадь Ма-Ану где видит застывших Сумеречных Рыцарей и оказывается сам атакован персонажем по имени Флюгель (Flügel).
Молодой ниндзя Наруто из деревни Скрытого Листа мечтает прославится и стать Хокаге - лучшим воином деревни деревни. В этом ему помогают его невероятный темперамент и огромная самоуверенность (впрочем и способностями он не обделён - ведь в нём заточён Девятихвостый Демон-Лис, который даёт мальчику частички своей силы), а также друзья, которые постоянно находятся рядом с ним - симпатичная девушка Сакура и мрачно-демонично-загадочный парень Саске - лучший ниндзя академии (правда их дружбу и ему и им ещё предстоит понять и принять) и конечно же неподражаемый и великолепный глава их отряда шаринган Какаши...