EVE: Zero является предысторией игры EVE: Burst Error. Игрок управляет двумя главными персонажами - частным детективом Kojirou Amagi и секретным агентом Marina Houjou, события игры развиваются незадолго до событий EVE: Burst Error. Kojirou вместе со своей подругой Yayoi работает в оффисе детективного агенства Katsuragi Detective Office. Dr. Nishina, руководитель исследовательского центра генетики, нанимает Kojirou для расследования похищения его сына Шина (Shin). В то время Marina получает задания от своего шефа Kouno, цель которого - наблюдение за иностранцами, представителями некой американской компании. Продолжая традиции сериала EVE две истории, никак не связанные вначале игры, переплетаются в клубок интриг и совместных расследований.