Серые принадлежат цивилизации, которая старше, чем наша собственная и внешностью похожи на тех маленьких парней, которых мы видим в документальных фильмах о инопланетянах. Но они попали в очень неприятную ситуацию. Огромный робот, который они построили, чтобы заменить атмосферу на необитаемых планетах и решить проблему перенаселения, обратился против них самих. Теперь он должен быть остановлен. Как только робот, которого они создали, так называемый Терракон, начал осознавать себя он усовершенствовался и стал как бог. А затем уничтожил родную планету Серых. Теперь эта машина путешествует по Галактике, взрывая на своем пути все планеты подряд.
Игра, основанная на сюжете знаменитого голливудского блокбастера, безусловно, должна была получить продолжение, тем более, что первая версия пользовалась и продолжает пользоваться огромным успехом у любителей. То, что она называется Underground, вовсе не значит, что действие происходит под землей. Просто сюжет во многом связан с активным французским сопротивлением, которое осуществляется подпольным образом, отсюда и название Underground. Вы играете роль Манон, очаровательной женщины, участника французского сопротивления, и тот, кто знаком с первой игрой, безусловно, запомнил её очаровательное личико.
Neversoft Entertainment, компания, за плечами у которой уже имеется Tony Hawk's Pro Skater, решила, что самое время им попытаться создать еще одну игру. Используя движок упомянутой игры, они создали трехмерное изображение Нью-Йорка, по которому может кружить, прятаться и вышагивать членистоногое чудо, одновременно стирая с лица земли плохих парней, восстанавливая истину и справедливость, присущие настоящим американцам. И все в этом духе. Наш герой обнаруживает, что он находится в самом центре грязного заговора, согласно которому его обвиняют в преступлении, которого он не совершал. Кто-то, переодевшись Человеком-Пауком, стащил одно из последних технических изобретений доктора Отто Октавиуса, и настоящий Паучок обнаруживает, что его разыскивают.